Интерьер церкви

В 1890-х годах Якунчикова создает картины-настроения, открывающие зрителю мир старинных усадеб: «Окно в Мореве» (1894), «Чехлы», «Из окна старого дома. Введенское» (обе 1897). Имя Марии Васильевны звучало в числе лучших русских художников-современников. «Мир искусства» пригласил Якунчикову участвовать в выставках и в издаваемом ими журнале, для которого она создала обложку, использовавшуюся целых полгода.

Кроме живописи, художница экспериментировала с майоликой и графикой. Цветные офорты художницы, близкие по духу к стилю модерн, были особо отмечены английским журналом «The Studio», а также оказали влияние на творчество А.П. Остроумовой-Лебедевой.

Якунчикова пробовала себя и в прикладном искусстве. С 1895 г. она выполняет декоративные панно в особой технике, совмещающей выжигание по дереву и масляную живопись. Мария, вслед за ее ближайшей подругой Е.Д. Поленовой, увлекалась народным искусством, коллекционировала его образцы. Народные, «неорусские» мотивы находят воплощение в ее панно «Городок» (1896). На Всемирной выставке 1900 г. в Париже резная полочка для игрушек и вышитое панно «Девочка и леший», сделанные по ее эскизам, были удостоены серебряной медали.

Творческое наследие Марии Васильевны разделено между Россией и Швейцарией. В России картины Якунчиковой хранятся в Третьяковской галерее, Русском музее, Музее-усадьбе В.Д. Поленова. Значительная часть ее произведений находится в частных коллекциях наследников семьи Вебер в Швейцарии, а также в доме художницы.